美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心McPherson等研究揭示了全基因组倍增（WGD）在卵巢癌中的动态变化及其对肿瘤进化和免疫反应的影响。（Nature. 2025年7月16日在线版）

全基因组倍增是指细胞基因组在分裂过程中发生错误从而导致基因组数量加倍的现象，在卵巢癌等多种肿瘤中普遍存在，在卵巢癌中的发生率跨越30%；WGD不仅增加肿瘤细胞的基因组不稳定性，还可能导致肿瘤的快速进化和耐药性。

以往研究多基于bulk测序技术，无法精确捕捉WGD在肿瘤内的动态变化，为了深入研究WGD在卵巢癌中的作用，研究者采用单细胞全基因组测序（scWGS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，对41例未经治疗的卵巢癌患者的70个样本进行了分析，通过分析单细胞水平的基因组和转录组数据，揭示了WGD在卵巢癌中的动态变化及其对肿瘤微环境的影响。

近年来，学界对卵巢癌的基因组特征有了更深入了解，全基因组倍增在卵巢癌中发生率超30%，与肿瘤转移、耐药和不良预后密切相关。全基因组倍增在卵巢癌中的进化过程及其对肿瘤微环境的影响值得探讨。

研究者选取41例未经治疗的卵巢癌患者，从这些患者多个肿瘤部位收集70个样本，采用包括单细胞全基因组测序（scWGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多色免疫荧光技术等多种技术进行研究。研究者从患者的肿瘤组织中提取单细胞悬液，在去除CD45+免疫细胞后进行单细胞全基因组测序（scWGS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）；同时对FFPE组织切片进行多色免疫荧光染色来检测微核和DNA感应机制。

研究者通过DLP+技术对单细胞进行全基因组测序生成了
100 054个单细胞全基因组数据；并经过严格的质量控制最终保留了30 260个高质量的肿瘤细胞基因组。对123个样本进行了单细胞RNA测序（每个样本平均测序约6000个细胞）。通过计算单细胞基因组和转录组数据分析了WGD事件的动态变化、肿瘤细胞的进化历史及肿瘤微环境的变化。研究者还开发了doubleTime方法用于推断WGD事件的进化时间和顺序。

研究结果表明，WGD在卵巢癌中是一个动态的进化过程，几乎所有患者的肿瘤中都存在WGD细胞，WGD细胞在肿瘤中的比例从0~100%不等，显示出显著异质性，WGD事件的时机也存在差别，部分患者的WGD事件发生在肿瘤进化的早期，部分患者WGD事件发生在晚期；提示WGD事件可能通过增加基因组的多样性来促进肿瘤细胞的适应性和耐药性。WGD细胞还表现出显著的免疫抑制特征，包括降低干扰素信号通路的活性和增加免疫抑制细胞的比例。

研究者通过单细胞基因组学和转录组学技术，揭示了WGD在卵巢癌中的动态变化及其对肿瘤进化和免疫反应的影响。研究者将进一步探索WGD在其他肿瘤中的作用及如何通过靶向WGD过程来改善抗肿瘤治疗效果。

（编译 张欣欣）