胃肠肿瘤中心成立于2015年6月，中心主任为国内外知名胃肠肿瘤专家季加孚院士。多年以来，北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤专业在胃癌、结直肠癌诊治领域一直处于国内领先水平，尤其在肿瘤规范化手术、综合诊疗方案制定及推广、多学科诊疗、遗传资源收集、临床、转化及基础研究领域贡献突出，先后承担了国家科技部“十五”、“十一五”、“十二五”科技支撑计划、863、973等多项重大应用和基础研究项目，取得了丰硕成果。胃肠肿瘤中心成立旨在在国家肿瘤防治战略的指引下，强化胃癌、结直肠癌等传统诊治特色，充分整合胃肠肿瘤外科优势资源、汇集国内外胃癌和结直肠癌领域的顶尖专家，建设具有国际影响力的团队。中心将集胃肠肿瘤预防、诊断、治疗、研究、管理于一体、整合、规范、提高、打造“患者首选的国际化胃肠肿瘤诊疗研究中心”。