美国纪念斯隆凯特琳癌症中心研究者报告的研究显示，肿瘤患者血液cfDNA中携带的大部分基因突变，可能不是来自于癌细胞，而是血液中的白细胞。这给液体活检相关的研究带来了挑战，提示在给患者开展液体活检时，白细胞DNA应该是必检项目，甚至需要开展超高深度的测序。(Nat Med. 2019 月11月25在线版. doi: 10.1038/s41591-019-0652-7)

研究循环肿瘤DNA时一个很重要的混杂因素就是克隆性造血，有基因突变的造血干细胞，通过多系造血分化，形成携带同样突变的终末分化成熟血细胞。虽然其中一些突变会导致后代血细胞具备适应性优势，出现不成比例的扩增，但这种克隆性扩增并不是恶性的。克隆性造血会随着年龄的增长而增加，导致克隆性造血的基因突变，也可通过cfDNA检测到。克隆性造血会影响对cfDNA测序结果的解释，尤其是很大一部分cfDNA片段源自造血细胞。

尽管大量研究表明，通过cfDNA检测到的基因突变，与通过肿瘤组织检测到的基因突变有很好的一致性。不过，还是有研究者在cfDNA中发现了很多肿瘤组织中不存在的基因突变。当然，这部分突变有可能是组织活检取样的不全面带来的，也可能是克隆性造血导致的。

研究者获取了124例癌症患者的cfDNA、肿瘤组织样本和白细胞DNA，以及47名无癌志愿者的cfDNA和白细胞DNA，基于已获FDA批准的MSK-IMPACT平台给每个样本独立开展了深度高达60000×的测序。结果发现，在肿瘤患者的cfDNA中，克隆性造血带来的变异可能占53.2%;而在健康的志愿者cfDNA中，这一数字达81.6%。提示克隆造血带来的突变比学界原来认为的要常见得多。

基于肿瘤组织的活检发现了740个突变，基于cfDNA的检测包含其中的530个(71.6%)。在cfDNA发现的基因突变中，有一些突变虽然在肿瘤组织检测中出现，但频率极低，还有一些在肿瘤组织和白细胞中均未出现过。提示cfDNA检测和基于组织的活检还是存在一定差别的。

研究者认为，cfDNA测序可准确检测整个肿瘤基因组中很大一部分突变，或许可反映患者肿瘤的TMB、肿瘤突变特征和MSI。cfDNA可以检测到肿瘤组织活检发现不了的亚克隆突变。通过cfDNA进行超高深度测序发现的基因突变，不太可能是技术本身带来的假阳性。之前研究中开展的白细胞DNA低深度测序，可能低估了克隆性造血的普遍程度。

该研究证实了cfDNA检测相较于组织活检的优点，也提示在检测cfDNA的同时，一定要检测白细胞DNA，最好是超高深度测序。

(编译 韩婧)