中国科深圳先进技术研究院、合成生物学研究所翟冰研究员等可能发现了骨髓移植患者中真菌血流感染背后的机制。其研究发现，在导致突破性真菌血流感染的近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）临床菌株中，很多菌株对抗真菌药物米卡芬净存在一种有别于经典耐药的表型——异质性耐药（heteroresistance），肠道定植有异质性耐药菌株的患者发生突破性血流感染的风险显著高于仅有敏感菌株定植的患者。（Nat Med. 2024年8月2日在线版）

当一小部分细菌保持对抗生素耐药，而其余细菌保持敏感时，就会出现一种被称为异质性耐药的现象。骨髓移植患者还面临着同样致命的真菌血流感染——包括近平滑念珠菌的感染，这种真菌可以在消化道中生存，偶尔也会进入血液。

既往研究显示，尽管接受了抗真菌药物米卡芬净的预防性治疗，但许多移植受者仍可能发生暴发性的真菌感染/血流感染。虽然这些感染者的死亡率很高，但导致感染的机制仍知之甚少。

翟冰等从纪念斯隆-凯特琳癌症中心和法、德、中国的患者中获取了219株近平滑念珠菌的临床分离株，并对所有菌株都进行了深度全基因组测序。

结果显示，各国的临床菌株中均发现了对米卡芬净异质性耐药的菌株。在接受米卡芬净预防性治疗的少数患者中，异质性耐药（表型不稳定的、低频率出现的耐药性细胞亚群，约1/10 000）是真菌血流感染的驱动因素。指导侵袭性感染药物选择的标准抗生素敏感性试验，如肉汤微量稀释实验或梯度扩散实验，未能检测到近平滑念珠菌的米卡芬净异质性耐药。

机器学习模型在辅助检测异质性耐药的真菌时，展示了一种原理证明性的诊断方法，具有为临床决策提供信息的潜力。异质性耐药菌株和敏感菌株更有可能具有略微不同的进化史。机器学习模型有助于仅根据现有工具快速检测出的一小段基因组学特征（最多10个基因组学特征）来预测异质性耐药。

研究人员希望他们的创新有望开发一种简单的检测工具，能在临床环境中识别出异质性耐药的真菌。鉴于目前还没有此类检测方法，他们将致力于在移植前分析患者的粪便样本，以描绘患者肠道微生物或真菌的轮廓。

（编译 李佳）